Visi

Pondok Pesantren sebagai lembaga pendidikan yang unggul dalam ilmu pengetahuan agama maupun dalam ilmu pengetahuan umum diharapkan menghasilkan kader santri yang takwa , berbudi pekerti luhur, cerdas, terampil, percaya diri, berkepribadian kuat, mampu mengembangkan diri dan mampu mengembangkan umat manusia seutuhnya serta bertanggungjawab terhadap masyarakat.

Misi

• Meningkatkan kemampuan dan pengetahuan tenaga pengajar sesuai dengan perkembangan dunia pendidikan.
• Mewujudkan pondok Pesantren Al-Mubarok Medono Pekalongan menjadi pesantren yang unggul dan berkualitas serta agen transformasi masyarakat menuju baldatun thoyyibatun warobbuin ghofur.
• Membekali santri yang menguasai ilmu pengetahuan agama Islam dan ilmu pengetahuan umum yang luas dan mendalam serta memiliki pribadi muslim yang berakhlakul karimah.
• Membekali santri yang memiliki sifat istiqomah terhadap ajaran yang diyakini dan mampu mengamalkannya kepada masyarakat.
• Membekali santri yang luas wawasan ilmu pengetahuan dan tekhnologi dengan dilandasi nilai-nilai ajaran Islam yang kuat dan mampu menerapkan dalam kehidupan masyarakat.

Tujuan

• Beriman, berakhlakul karimah, beramal shaleh, cakap, serta memiliki kesadaran dan tanggung jawab atas kesejahteraan umat manusia.
• Mendidik santri yang memiliki iman yang kuat dan kepercayaan yang mantap terhadap kebenaran seluruh ajaran Islam yang diwahyukan Allah SWT., kepada nabi Muhammad SAW.
• Mendidik santri agar mampu berpikir rasional dilandasii dengan dasar-dasar ilmu pengetahuan dan tekhnologi dan mampu menjabarkan pada agama Islam sehingga dapat mengembangkan dirinya dan masyarakat.
• Mendidik santri agar memiliki kemampuan menuangkan buah pikirannya yang rasional, berguna bagi upaya peningkatan kualitas dan pengembangan ilmu dakwahnya.
• Tercapainya kehidupan baik di dalam maupun di luar pesantren berciri khas Islam dan nilai-nilai kepesantrenan.